Acte 1
C’est la nuit, au bord d’un lac dans la forêt. La lune luit. Les nymphes sortent du bois et s’avancent vers le lac en chantant. Elles appellent l’Ondin, le taquinent ; il émerge de l’eau et plaisante avec les nymphes. Puis les nymphes partent et l’Ondin reste seul. C’est alors que Rusalka, qui était assise sur un saule au-dessus de l’eau, l’appelle. Elle avoue à son père qu’elle est triste parce qu’elle aimerait être une créature humaine et avoir une âme comme les humains, et qu’elle est amoureuse d’un humain. L’Ondin, comprenant qu’il ne pourra pas la faire changer d’avis, lui conseille alors d’aller voir la sorcière Jezibaba et plonge dans le lac, désolé.
Restée seule, Rusalka chante une romance où elle exprime à la lune son amour pour l’homme qui vient parfois se baigner au lac. Puis elle se dirige vers la cabane de Jezibaba, qui est justement près du lac, et l’appelle. Celle-ci sort de sa cabane et ordonne à l’ondine de sortir du lac, ce qu’elle fait avec peine. Après avoir chanté la sagesse et la puissance de Jezibaba, Ruslka lui demande de lui donner un corps et une âme humains. La sorcière accepte, mais énonce ses conditions : les humains ne pourront pas entendre Rusalka, et si elle ne trouve pas l’amour sur terre, elle devra retourner, damnée, dans les profondeurs du lac et celui qu’elle aime sera lui aussi maudit. Sûre de la puissance de son amour, Rusalka accepte et toutes deux rentrent dans la cabane pour que Jezibaba prépare la potion qui transformera Rusalka.
L’aube arrive, Rusalka boit la potion et on entend les chasseurs arriver. Au loin, un chasseur chante la biche blanche mystérieuse dans les bois. Puis le Prince arrive au bord du lac, il arrête la chasse et renvoie les chasseurs pour rester seul. Rusalka sort alors de la cabane et s’approche du Prince. Celui-ci est d’abord surpris, puis enchanté. Bien que désarçonné par le silence de Rusalka, il l’emmène avec lui au château.
Acte 2
La scène est dans les jardins du château, au crépuscule. Un garde forestier, curieux, demande à un petit marmiton quel évènement se prépare au château. Celui-ci lui explique que le Prince a ramené de la forêt une femme inconnue qu’il va sans doute épouser. Mais cette fiancée est muette et froide, et le marmiton en a peur. Le garde forestier ne calme pas sa peur en lui parlant des mystères de la sombre forêt ; puis le marmiton explique que le curé n’a pas pu faire changer d’avis le Prince, mais qu’une des invitées à la fête, une Princesse étrangère, semble avoir déjà tourné la tête du Prince.
L’arrivée du Prince et de Rusalka a fait fuir le marmiton et le garde. Le Prince se plaint auprès de Rusalka qu’elle soit muette et froide, puis apparaît la Princesse étrangère, furieuse que le Prince ne lui rende pas les égards dus à son rang. Elle rappelle le Prince à ses devoirs d’hôte, et celui-ci renvoie Rusalka pour qu’elle se prépare pour le bal.
Vient ensuite un ballet avec les invités du Prince, qui rentre dans le château avec la Princesse étrangère à son bras. Les jardins restent déserts ; l’Ondin émerge du lac dans le parc et se lamente sur le sort de Rusalka. Celle-ci est revenue dans le jardin et implore son père de l’aider. Mais voilà que le Prince et la Princesse reviennent à leur tour, sans remarquer les deux ondins, et que celle-ci le provoque jusqu’à ce qu’il lui déclare sa flamme et renie Rusalka. Cette dernière est désespérée et se jette vers le Prince qui la rejette. L’Ondin, dressé au-dessus de l’étang, menace le Prince d’une voix terrifiante, puis entraîne Rusalka dans l’étang. Le Prince implore alors l’aide de la Princesse, qui le rejette avec mépris.
Acte 3
Le lieu est le même qu’au premier acte, et la nuit tombe. Rusalka est au bord de l’étang et chante sa douleur d’avoir perdu le Prince. Jezibaba sort alors de sa cabane, moqueuse. Elle annonce à Rusalka que le seul moyen de revenir dans le monde qu’elle a quitté est de tuer le Prince, et lui tend un couteau. Rusalka refuse et jette le couteau dans le lac ; elle préfère souffrir éternellement. Puis elle plonge dans le lac, mais ses soeurs les ondines la rejettent : elle ne peut plus avoir comme compagnie que les feux follets des marais, qui guident les humains vers la mort.
Le garde forestier et le marmiton apparaissent : ils viennent demander conseil à Jezibaba. Le garde fanfaronne alors que le marmiton avoue sa peur, d’autant plus que Jezibaba en ferait bien un rôti ! Il finit par dire que le Prince a été victime d’une femme diabolique qu’il avait trouvée et amenée au château, mais qui a disparu en le laissant inconsolable. L’Ondin surgit, furieux : c’est le Prince qui a trahi ! Le garde et le marmiton s’enfuient, terrifiés, et l’Ondin replonge dans le lac, puis Jezibaba rentre en ricanant dans sa cabane.
Les nymphes des bois, revenues au bord du lac, chantent la première sa belle chevelure dorée, la deuxième ses beaux petits pieds blancs, et la troisième son beau petit corps. Elles voient arriver l’Ondin, qui leur dit sa tristesse du sort de Rusalka. Gagnées par cette tristesse, les nymphes s’enfuient et le bord du lac est de nouveau désert.
Puis le Prince sort de la forêt : il cherche la biche blanche à travers les bois. Son espèce de délire s’éclaircit quand il reconnaît le lieu où il a trouvé Rusalka et il l’appelle. Rusalka sort alors des flots, et elle parle pour la première fois au Prince. Celui-ci lui exprime son amour et son désir de paix ; Rusalka le prévient qu’un baiser d’elle lui apportera la mort, mais le Prince n’en a cure. Rusalka l’embrasse et il meurt dans ses bras, alors que l’Ondin se lamente dans le fond du lac. L’opéra se termine sur une prière de Rusalka pour l’âme du Prince.